Aller au contenu

UrinesReins et urinesPreuve validée

Examen cytobactériologique des urines

Aussi appelée ECBU · Examen cytobactériologique urinaire · Uroculture · Culture d'urine

Les repères

  • Bactériurie sous tous les seuils moins de 1 000 UFC/mL
  • Significative si E. coli ou S. saprophyticus 1 000 à 10 000 UFC/mL
  • Significative pour les autres uropathogènes plus de 10 000 UFC/mL

Femme · Source : SPILF, Caron F et al., Med Mal Infect 2018;48(5):327-358, tableau 2. Les repères de votre laboratoire priment : ils dépendent de sa méthode et de son unité.

L'ECBU compte les globules blancs présents dans les urines, puis met l'urine en culture pour identifier une bactérie et tester sa sensibilité aux antibiotiques. C'est l'examen de référence pour confirmer une infection urinaire, sauf dans la cystite simple de la femme.

Pourquoi on la demande

  • Brûlures en urinant, envies fréquentes ou pressantes, douleur du bas-ventre faisant suspecter une infection urinaire, en dehors de la cystite simple de la femme
  • Fièvre avec douleur lombaire faisant suspecter une pyélonéphrite (infection du rein)
  • Toute suspicion d'infection urinaire chez l'homme, cystite comprise
  • Cystite qui ne s'améliore pas après 3 jours de traitement, ou cystites qui récidivent
  • Dépistage d'une colonisation urinaire pendant la grossesse chez la femme à risque, ou avant un geste urologique programmé
  • Infection urinaire chez une personne à risque de complication (anomalie de l'appareil urinaire, sujet âgé fragile, insuffisance rénale sévère)

Ce qui peut la fausser

  • Toilette intime insuffisante ou premier jet non éliminé : contamination par les germes de la peau
  • Flacon laissé à température ambiante au-delà du délai prévu par le laboratoire : les bactéries se multiplient
  • Antibiotique pris avant le prélèvement : culture faussement négative
  • Urines restées trop peu de temps dans la vessie (boisson abondante, mictions rapprochées) : bactéries diluées
  • Règles ou pertes vaginales : globules blancs et germes d'origine génitale
  • Effort intense récent : sang dans les urines (hématurie) passager, sans infection
  • Prélèvement réalisé sur une ancienne sonde urinaire plutôt que sur une sonde neuve

Causes d’une valeur haute

  • Cystite aiguë, le plus souvent due à Escherichia coli
  • Pyélonéphrite aiguë
  • Prostatite aiguë chez l'homme
  • Colonisation urinaire sans symptôme, fréquente chez la personne âgée
  • Contamination du prélèvement (plusieurs espèces bactériennes, souvent sans globules blancs)
  • Infection favorisée par un calcul, un résidu d'urine dans la vessie ou une anomalie urologique
  • Globules blancs sans bactérie : antibiotique déjà pris, germe qui ne pousse pas sur les milieux usuels, inflammation non infectieuse

Recueil d’urinesECBU avec antibiogramme, souvent précédé d'une bandelette urinaire

UFC/mLPreuve validée5 sources

Profil sportif

Un effort intense ou prolongé fait souvent apparaître du sang dans les urines, le plus souvent visible seulement au microscope, sans infection. Son importance suit l'intensité de l'effort, et les sports de contact augmentent le risque de sang visible à l'œil nu. Faites l'ECBU à distance de l'entraînement et signalez à votre médecin tout sang dans les urines qui persiste.

Ce que mesure l’analyse

L'ECBU examine vos urines au microscope pour compter les globules blancs, puis les met en culture pour rechercher une bactérie. Il confirme une infection urinaire et guide le choix d'un antibiotique adapté grâce à l'antibiogramme.

Lire l’explication

À lire avec

Ce que mesure l’ECBU

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU) se déroule en deux temps. L’examen cytologique compte les cellules présentes dans l’urine, au microscope ou avec un automate : leucocytes (globules blancs), hématies (globules rouges), cellules de la paroi urinaire et cristaux. L’examen bactériologique met ensuite l’urine en culture. Il dénombre les bactéries en unités formant colonies par millilitre (UFC/mL), c’est-à-dire en nombre de bactéries vivantes capables de se multiplier, puis il les identifie.

Quand une bactérie pousse en quantité significative, le laboratoire réalise un antibiogramme : il teste sa sensibilité à plusieurs antibiotiques. Le médecin peut ainsi choisir la molécule la plus ciblée possible, ce qui limite l’apparition de résistances.

La présence de globules blancs dans l’urine s’appelle la leucocyturie. Elle traduit une réaction inflammatoire de l’appareil urinaire. La présence de bactéries s’appelle la bactériurie. Une infection associe en général les deux, avec des symptômes.

Comment se passe le prélèvement

La qualité du recueil fait la fiabilité du résultat. Selon les consignes du laboratoire Synlab, l’urine doit idéalement avoir séjourné au moins 4 heures dans la vessie, et le recueil se fait avant toute prise d’antibiotique. Les urines du réveil conviennent bien.

  • Lavez-vous les mains, puis faites une toilette soigneuse avec la lingette ou l’antiseptique fourni ;
  • Éliminez le premier jet dans les toilettes, puis recueillez la suite, appelée milieu de jet, dans le flacon stérile, sans toucher son bord ;
  • Refermez, identifiez le flacon et notez l’heure du recueil.

Le flacon doit arriver au laboratoire dans les 2 heures. Sinon, il se garde au réfrigérateur, entre +2 et +8 °C, 24 heures au maximum. À température ambiante, les bactéries se multiplient et faussent le comptage. Certains flacons contiennent un conservateur qui modifie ces délais : suivez les consignes de votre laboratoire.

Comment lire le résultat

Les seuils viennent des recommandations de la Société de pathologie infectieuse de langue française (SPILF). Pour la leucocyturie, le seuil retenu est de 10 000 globules blancs par mL en microscopie classique. Il peut varier un peu avec les automates : fiez-vous aux valeurs de référence imprimées sur votre compte rendu. Chez l’homme, la mise à jour la plus récente des recommandations retient une leucocyturie d’au moins 30 000 par mL.

Pour la bactériurie, le seuil dépend de l’espèce et du sexe :

  • Escherichia coli et Staphylococcus saprophyticus : 1 000 UFC/mL chez la femme comme chez l’homme ;
  • Autres entérobactéries, entérocoque, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus : 10 000 UFC/mL chez la femme et 1 000 UFC/mL chez l’homme ;
  • Femme enceinte sans symptôme : la colonisation se définit par une seule espèce à au moins 100 000 UFC/mL.

Ces seuils restent des repères. La SPILF rappelle que les signes cliniques priment : une infection évidente avec une bactériurie un peu sous le seuil reste une infection. À l’inverse, des bactéries sans aucun symptôme correspondent le plus souvent à une colonisation urinaire, autrefois appelée bactériurie asymptomatique. Elle ne se traite pas, sauf pendant la grossesse et avant un geste urologique programmé.

Plusieurs espèces différentes dans la culture évoquent plutôt une contamination du flacon. Des globules blancs sans bactérie doivent faire penser à un antibiotique déjà pris, à un germe qui ne pousse pas sur les milieux de culture usuels, ou à une inflammation sans infection.

Ce que dit la science

L’ECBU a un niveau de preuve élevé : il occupe une place centrale dans les recommandations françaises. Il est indiqué devant toute suspicion d’infection urinaire, sauf la cystite simple de la femme. Dans ce cas, la bandelette urinaire suffit, car sa valeur prédictive négative dépasse 95 % : une bandelette négative rend une infection très peu probable. Chez l’homme, la bandelette a une bonne valeur prédictive positive, mais elle ne permet pas d’écarter une infection. Les recommandations les plus récentes demandent donc un ECBU avant tout antibiotique, cystite comprise.

Un ECBU de contrôle est inutile après une infection qui évolue bien. Il risquerait de découvrir une colonisation sans conséquence et d’entraîner un traitement inutile.

Chez le sportif, une revue publiée dans European Urology Focus montre que l’effort augmente la perméabilité des glomérules, les filtres du rein. Il en résulte souvent une hématurie microscopique, proportionnelle à l’intensité de l’exercice. Cette hématurie d’effort n’est pas une infection. Les auteurs rappellent toutefois qu’un sang dans les urines qui persiste ou qui suit un choc doit être exploré.

Les analyses à associer

La bandelette urinaire oriente avant l’ECBU en détectant les globules blancs et les nitrites, produits par les entérobactéries. En cas de pyélonéphrite à risque de complication, la SPILF conseille aussi une numération des globules blancs, une protéine C réactive et une créatinine, pour juger de l’inflammation et du fonctionnement des reins.

À retenir

  • L’ECBU associe un comptage des cellules et une culture suivie d’un antibiogramme ;
  • Un recueil en milieu de jet, après toilette et avant tout antibiotique, conditionne la fiabilité ;
  • Les seuils de bactériurie dépendent du germe et du sexe ;
  • Les symptômes priment toujours sur les chiffres ;
  • Des bactéries sans symptôme ne justifient en général aucun traitement, sauf pendant la grossesse.

Testez-vous

5 questions, chaque réponse expliquée

  1. 01Chez une femme qui a des brûlures urinaires, une bactériurie à E. coli de 10 000 UFC/mL est-elle significative ?

  2. 02Faut-il un ECBU pour une cystite simple chez la femme ?

  3. 03Chez un homme, à partir de quelle bactériurie l'ECBU est-il significatif pour les principaux uropathogènes ?

  4. 04Votre flacon ne peut pas partir tout de suite au laboratoire. Que faire ?

  5. 05Des bactéries dans les urines sans aucun symptôme doivent-elles être traitées, en dehors de la grossesse ?

Un proche attend ses résultats ?

Envoyez-lui cette fiche : les repères selon le profil, ce qui peut fausser le chiffre et les sources.

Sources · 5

  1. 1Caron F, Galperine T, Flateau C, et al. Recommandations pour la prise en charge des infections urinaires communautaires de l'adulte (SPILF). Médecine et Maladies Infectieuses 2018;48(5):327-358
  2. 2Lafaurie M, Bruyère F, Boutfol W, et al. Updated guidelines for management of community-acquired urinary tract infections in adult men by the French infectious disease society (SPILF). Infectious Diseases Now 2026;56(6S):105312. PMID 42314979
  3. 3Mallordy F. Infections urinaires masculines : nouvelles recos SPILF. La Revue du Praticien, 30 juin 2026
  4. 4Synlab Opale. Modalités de recueil pour un ECBU (document patient du laboratoire)

Une analyse se lit avec votre médecin : cette fiche explique, elle ne remplace ni un diagnostic ni les normes de votre laboratoire.