Lactobacilles

Ce que mesure l’analyse

Les lactobacilles forment un genre de bactéries (Lactobacillus) à Gram positif, qui produisent de l’acide lactique à partir de sucres. On les connaît surtout pour leur rôle dans les fermentations alimentaires (yaourt, choucroute, fromages) et pour leur usage comme probiotiques. Leur place dans le côlon est plus discrète que leur réputation : ils y sont un composant minoritaire du microbiote de l’adulte.

L’analyse recherche ce genre dans un échantillon de selles, par PCR quantitative (qui copie et compte l’ADN du genre), par séquençage du gène 16S ou par analyse métagénomique. Le résultat s’exprime soit en pourcentage de l’ensemble des bactéries détectées, soit en quantité d’ADN par gramme de selles. Ces deux unités ne se comparent pas.

Comment se passe le prélèvement

Vous recueillez les selles vous-même, dans un pot ou un kit fourni par le laboratoire, avec la spatule ou l’écouvillon prévu. Évitez le contact avec l’urine, l’eau de la cuvette ou le papier. Certains kits contiennent un liquide de conservation qui fige la composition bactérienne, d’autres demandent un envoi rapide ou une conservation au froid. Suivez la notice du laboratoire.

Le jeûne n’est pas nécessaire. Signalez les antibiotiques récents, les probiotiques, les produits fermentés consommés régulièrement, les laxatifs, les lavements, une préparation de coloscopie et un changement marqué d’alimentation. Certains laboratoires demandent de garder une alimentation habituelle les jours précédents.

Comment lire le résultat

Il n’existe pas de valeur de référence universelle pour les lactobacilles. Chaque laboratoire applique ses propres normes, établies sur sa technique et sa population de comparaison, et nous n’avons trouvé aucun article indexé dans PubMed qui publie des repères validés pour la pratique. Le cadran de cette fiche reste donc vide : mieux vaut aucun repère qu’un repère faux.

Quelques règles de lecture :

• comparez deux résultats seulement s’ils viennent du même laboratoire et de la même technique ;
• vérifiez l’unité, un pourcentage et une quantité d’ADN par gramme ne se superposant pas ;
• sachez qu’un résultat bas ou à la limite de détection est fréquent pour un genre minoritaire ;
• lisez le résultat avec la diversité du microbiote et vos symptômes.

Un résultat signalé « bas » ou « haut » indique que la quantité détectée diffère de celle de la population de référence du laboratoire. Il ne dit pas qu’un trouble est présent, ni qu’un complément serait utile.

Ce que dit la science

Une revue de 2017 résume bien la situation. Les lactobacilles ne sont qu’un membre mineur du microbiote colique humain, et pourtant leur proportion a été retrouvée, dans de nombreuses études du microbiote, tantôt corrélée positivement, tantôt négativement, à des maladies ou à des états chroniques (Heeney et al., 2017)¹. Le titre de cet article pose la bonne question : ce genre est-il un acteur ou un simple passager ?

Niveau de preuve : « c », émergente. Ce qui est démontré : ce genre est détectable chez une partie des adultes, avec une abondance faible, et sa quantité varie beaucoup d’une personne à l’autre. Ce qui ne l’est pas : un taux « optimal », une valeur qui permettrait de dépister ou de suivre une maladie, ou un bénéfice individuel à relever le résultat. Des corrélations de sens opposé selon les études suffisent à rappeler que la présence ou l’abondance de ce genre n’est pas, à elle seule, un indicateur de santé.

Les lactobacilles sont aussi ingérés avec des aliments fermentés et des probiotiques. Les retrouver dans les selles après leur consommation ne prouve pas qu’ils s’installent durablement. Un prélèvement fait pendant une cure de probiotiques renseigne donc peu sur votre flore habituelle. Pour cette raison, signalez toujours leur prise.

Enfin, le genre Lactobacillus regroupe de nombreuses espèces dont les propriétés diffèrent. Une analyse qui ne descend pas jusqu’à l’espèce ne peut pas dire laquelle est présente, ce qui limite ce qu’on peut en conclure.

Les analyses à associer

Lisez ce résultat avec les bifidobactéries, l’autre grand genre souvent associé aux probiotiques, et avec la diversité du microbiote, qui dit si l’ensemble est varié. L’analyse par PCR ciblée précise la technique qui produit ce résultat. Le D-lactate, mesuré dans un autre prélèvement, renseigne sur un produit du métabolisme de certaines bactéries et peut compléter la lecture en cas de symptômes digestifs, avec un avis médical.

À retenir

• L’analyse quantifie les lactobacilles, un genre minoritaire du côlon de l’adulte.
• Il n’y a pas de valeur de référence universelle : chaque laboratoire a ses normes.
• Un résultat bas est banal ; un résultat haut peut venir de probiotiques ou de produits fermentés.
• Les études associent ce genre à la santé et à la maladie dans les deux sens : il ne se lit pas seul.
• Un résultat atypique se discute avec un médecin ; il ne justifie pas, seul, un complément.