Diversité du microbiote

Ce que mesure l’analyse

Votre intestin héberge des milliers de milliards de bactéries. Elles ne forment pas un bloc homogène : on y trouve de nombreux groupes différents, présents en quantités très inégales. L’indice de Shannon résume cette variété en un seul nombre.

Il combine deux notions. La première est la richesse, c’est-à-dire le nombre de groupes bactériens différents détectés. La seconde est l’équilibre de leur répartition : une flore où un seul groupe domine est moins « diverse » qu’une flore où plusieurs groupes sont présents en proportions comparables. L’indice augmente quand la richesse et l’équilibre augmentent. Il se calcule à partir des résultats d’un séquençage de l’ADN bactérien des selles et n’a pas d’unité.

Il dépend donc de choix techniques : la méthode de séquençage, la profondeur de lecture, le niveau auquel on compte les groupes (genres ou espèces) et la base de comparaison. Deux laboratoires peuvent rendre des indices différents pour un même échantillon. Pour la même raison, chaque laboratoire a ses propres normes et je n’ai pas retenu de seuil publié pour cet indice dans cette fiche.

Comment se passe le prélèvement

Le recueil se fait chez vous, avec le matériel du laboratoire : flacon à conserver au froid ou tube avec un liquide de conservation, selon le laboratoire. Respectez la notice : l’échantillon doit parvenir au laboratoire dans les délais indiqués, car la composition de la flore évolue dans le flacon.

Signalez les antibiotiques récents, une gastro-entérite, une diarrhée marquée, un changement d’alimentation important ou une préparation à une coloscopie. Ces situations modifient la flore de façon temporaire. Pour comparer deux analyses dans le temps, gardez le même laboratoire, la même méthode et des conditions comparables.

Comment lire le résultat

Un indice de Shannon plus élevé traduit, toutes choses égales par ailleurs, une flore plus variée et mieux répartie. Un indice plus bas traduit une flore dominée par quelques groupes. Mais le chiffre brut n’a de sens que dans le rapport du laboratoire : une même valeur peut être haute avec une méthode et moyenne avec une autre.

Quelques points de lecture. D’abord, l’indice doit toujours être lu avec la composition détaillée : un indice élevé peut cacher une expansion d’un groupe défavorable, et un indice bas peut venir d’un groupe dominant bénéfique. Ensuite, un résultat isolé est une photographie : le microbiote varie d’un individu à l’autre et peut fluctuer dans le temps, surtout pendant une maladie (Lozupone et al., 2012)¹. Enfin, une même valeur peut avoir des causes très différentes : alimentation, médicaments, âge ou infection récente.

Ce que dit la science

Le niveau de preuve est « émergent » : l’association entre une faible diversité et des problèmes de santé est bien documentée, mais elle ne suffit pas à fonder un seuil individuel ni un diagnostic.

L’étude la plus citée sur le sujet est française et danoise. Chez 292 adultes danois, dont 123 non obèses et 169 obèses, les auteurs ont séparé deux groupes selon le nombre de gènes bactériens présents dans l’intestin. Le groupe à faible richesse regroupait 23 % de la population et se caractérisait par plus d’adiposité, de résistance à l’insuline, de dyslipidémie et d’inflammation. Parmi les personnes obèses, celles de ce groupe prenaient aussi plus de poids avec le temps (Le Chatelier et al., 2013)². Attention à ne pas surinterpréter : cette étude mesure la richesse en gènes et non l’indice de Shannon, et elle décrit une association.

Plus largement, une revue décrit une perte de diversité du microbiote comme associée à la dysbiose et à de nombreuses maladies des pays occidentaux. Elle avance l’hypothèse que l’usage large des antibiotiques et d’autres facteurs environnementaux appauvrissent l’écosystème intestinal (Mosca et al., 2016)³. C’est un argument d’ensemble, pas une preuve qu’augmenter l’indice améliore votre santé.

Ce que la science ne démontre pas : qu’un indice de Shannon précis soit un objectif à atteindre pour un individu, ou qu’une intervention (probiotiques, fibres, compléments) augmente cet indice de façon utile pour votre santé. Les causes d’un indice bas citées dans cette fiche sont des pistes à discuter avec un médecin.

Les analyses à associer

Le séquençage 16S ou la métagénomique fournissent la composition détaillée qui donne son sens à l’indice. La ligne protéobactéries signale une éventuelle expansion d’un groupe lié au déséquilibre. Les acides gras à chaîne courte fécaux reflètent l’activité de fermentation des fibres par la flore.

À retenir

• L’indice de Shannon résume richesse et équilibre de la flore en un seul nombre, sans unité.
• Sa valeur dépend de la méthode du laboratoire : chaque laboratoire a ses normes.
• Une diversité basse est associée à plusieurs problèmes de santé, sans que le sens du lien soit établi.
• Une valeur isolée est une photographie : comparez uniquement des analyses réalisées dans les mêmes conditions.
• Parlez d’un résultat inattendu avec un médecin avant de modifier votre alimentation ou de prendre des compléments.