Analyse du microbiote par séquençage 16S

Ce que mesure l’analyse

Le gène de l’ARN ribosomal 16S (ARNr 16S) est présent chez toutes les bactéries. Il comporte des zones très conservées, communes à presque tous les groupes, et des zones variables, propres à chacun. Le laboratoire extrait l’ADN des selles, amplifie par PCR une ou plusieurs de ces zones variables, séquence les fragments puis les compare à une banque de référence. Chaque séquence est rattachée à un genre bactérien, parfois à une espèce.

Le résultat est une liste de groupes bactériens (taxons) avec leur proportion, et un ou plusieurs indices de diversité : nombre de taxons détectés, régularité de leur répartition. Les champignons, les virus et les parasites ne sont pas détectés, car ils n’ont pas ce gène bactérien. La détection des archées dépend des amorces choisies.

Un point technique compte pour la lecture : les données sont relatives. Elles indiquent la part de chaque groupe dans l’échantillon, pas son nombre absolu. Les auteurs d’un travail publié dans Nature ont montré que cette approche relative limite l’interprétation, car la charge microbienne varie fortement d’une personne à l’autre : jusqu’à dix fois entre des personnes en bonne santé (Vandeputte et al., 2017)¹. Deux personnes peuvent donc afficher la même proportion d’un groupe avec des quantités très différentes.

Comment se passe le prélèvement

Le prélèvement se fait chez vous, avec le kit du laboratoire : un petit échantillon de selles est déposé dans un tube ou un pot, parfois contenant un liquide de conservation. Suivez la notice du laboratoire à la lettre : les consignes de recueil, de conservation et d’expédition dépendent du kit.

Signalez au laboratoire les antibiotiques, probiotiques et laxatifs pris récemment. Évitez de prélever pendant une diarrhée aiguë si l’objectif est de décrire votre état habituel.

La conservation compte, mais elle est plus tolérante qu’on ne le croit avec un kit adapté. Chez 17 patients hospitalisés, des selles stabilisées chimiquement puis congelées ont donné des profils globalement comparables à des selles congelées fraîches, en séquençage 16S comme en métagénomique (Ilett et al., 2019)². Cela ne dispense pas de respecter le kit de votre laboratoire.

Comment lire le résultat

Le rapport comporte en général trois blocs : la composition (genres ou familles dominants), la diversité, et une synthèse commentée. Il n’existe pas de valeur de référence universelle. Chaque laboratoire a sa région 16S, sa banque de référence, ses méthodes de calcul et sa propre population de comparaison. Un profil réalisé chez un laboratoire ne se superpose donc pas à celui d’un autre.

Plusieurs principes aident à lire le rapport :

• Comparez des prélèvements du même laboratoire, avec la même méthode.
• Regardez les grandes tendances, pas les décimales d’un pourcentage.
• Un groupe « absent » est peut-être sous le seuil de détection.
• Les résultats varient avec l’alimentation, le transit, les médicaments et d’un jour à l’autre.
• Une diversité élevée n’est pas automatiquement bonne, une diversité basse n’est pas automatiquement pathologique.

Ce que dit la science

Le niveau de preuve est celui d’une analyse émergente (c). La méthode est solide pour décrire un microbiote en recherche. Son utilisation pour décider d’une prise en charge individuelle reste limitée par l’absence de seuils validés.

Sur la technique, le 16S est moins résolutif que le séquençage de l’ensemble des génomes. Dans une comparaison sur un même échantillon de selles, le séquençage du génome entier détectait plus d’espèces, davantage de diversité et plus de gènes que l’amplification 16S (Ranjan et al., 2016)³. Cette comparaison portait sur un seul échantillon : elle illustre une différence de méthode, pas une supériorité clinique.

Sur l’interprétation, la prudence s’impose. Une revue systématique d’études chez des rongeurs ayant reçu un microbiote humain a relevé que 36 études sur 38 rapportaient un transfert de la maladie. Ses auteurs jugent ce taux invraisemblable et estiment que le rôle du microbiote dans les maladies humaines est exagéré (Walter et al., 2020)⁴. Un profil « déséquilibré » ne prouve donc pas qu’il cause un symptôme.

Ce qui n’est pas démontré : qu’un profil 16S permette de poser un diagnostic, de prédire une maladie chez une personne en bonne santé ou de choisir un traitement. Si le rapport propose des compléments ou un régime, discutez-en avec un médecin.

Les analyses à associer

Le séquençage 16S décrit la composition, pas l’inflammation ni l’activité des bactéries. On l’associe selon les symptômes à la calprotectine fécale (inflammation de la muqueuse), aux acides gras à chaîne courte fécaux (produits de la fermentation) et, si le contexte le justifie, à un examen parasitologique des selles. Le médecin choisit ces examens selon vos symptômes.

À retenir

• Le séquençage 16S identifie les bactéries des selles à partir d’un gène qu’elles partagent toutes.
• Les résultats sont relatifs : ils ne comptent pas les bactéries.
• Il n’existe pas de valeur de référence commune : chaque laboratoire a ses normes.
• Un profil décrit un microbiote, il ne permet pas de poser un diagnostic.
• Comparez toujours deux prélèvements du même laboratoire.