Ce que mesure l’analyse
L’examen parasitologique des selles (EPS) cherche, au microscope, des parasites intestinaux ou ce qu’ils laissent dans les selles. Deux grands groupes sont visés. Les protozoaires sont des organismes à une seule cellule, comme Giardia ou les amibes. On les voit sous forme de kystes, stades résistants, ou de trophozoïtes, stades mobiles et fragiles. Les helminthes sont des vers : on en observe les œufs ou les larves (ascaris, trichocéphale, ankylostome, anguillule, ténia).
Le biologiste concentre l’échantillon, l’examine à l’état frais, puis le colore si besoin. La technique repose sur l’œil et l’expérience de l’opérateur.
L’EPS ne voit pas tout. Certains parasites demandent une technique dédiée, comme les cryptosporidies ou les microsporidies. D’autres, comme les oxyures, se cherchent plutôt au niveau de l’anus avec un ruban adhésif.
Comment se passe le prélèvement
Le recueil se fait à domicile, dans un flacon fourni. Selon le laboratoire, on prélève plusieurs selles à des jours différents, car l’excrétion des parasites est irrégulière.
- Recueillez les selles sans urine ni eau de la cuvette.
- Acheminez-les vite au laboratoire (les formes mobiles se dégradent) et respectez la consigne de conservation, parfois avec un fixateur.
- Évitez avant le recueil l’huile minérale, les laxatifs huileux, le charbon, l’argile, le bismuth et les produits de contraste barytés : ils masquent les parasites.
- Signalez tout voyage, ainsi que les antibiotiques et antiparasitaires récents.
Comment lire le résultat
Le compte rendu est qualitatif : il liste les parasites vus, ou indique qu’aucun n’a été observé. Il n’existe pas de valeur de référence chiffrée.
- Un parasite pathogène (Giardia, Entamoeba histolytica, helminthes) justifie un avis médical.
- Un parasite commensal (Entamoeba coli) est sans danger, mais montre une contamination par voie fécale-orale.
- Certains organismes, comme Blastocystis ou Dientamoeba fragilis, ont une pathogénicité débattue : leur présence ne prouve pas qu’ils causent vos symptômes.
- Un résultat négatif ne ferme pas la question si le nombre d’échantillons est insuffisant.
Ce que dit la science
Le niveau de preuve est courant : l’EPS est la méthode classique, mais sa sensibilité dépend du protocole.
Un seul échantillon ne suffit pas. Dans une série de patients chez qui des parasites avaient été trouvés au moins une fois sur trois selles, le premier échantillon n’en détectait que 58,3 %. Le deuxième en révélait 20,6 % de plus, le troisième 21,1 % de plus (Nazer et al., 1993)1. Les auteurs recommandent au moins trois échantillons, tout en rappelant qu’on ne peut pas garantir l’absence d’infestation même ainsi.
Une étude danoise de plus de 53 700 échantillons a retrouvé des parasites potentiellement pathogènes dans 3,2 % des cas. Le premier échantillon repérait 62 % à 74 % des infections, un deuxième ajoutait 13 % à 23 %, un troisième 9 % à 12 % (Engbaek et al., 2001)2. Les auteurs jugeaient qu’il fallait resserrer les indications, par exemple devant une diarrhée aiguë sans voyage, tout en maintenant trois échantillons pour exclure une parasitose.
Le coût et la pertinence font débat. Dans un hôpital américain, plus de 2 000 EPS ont été revus : 6,7 % étaient positifs. Les auteurs ont limité l’examen à un seul échantillon par consultation et n’ont pas relevé d’effet négatif sur les soins (Morris et al., 1992)3. Cela illustre l’arbitrage entre sensibilité et coût.
L’EPS a des angles morts. Des auteurs rappellent que la giardiase et la cryptosporidiose sont souvent mal diagnostiquées par l’EPS classique, d’où l’intérêt de tests d’antigènes ou de PCR (Oshiro et al., 2026)4. Dans une étude de validation, un algorithme d’intelligence artificielle a détecté plus d’organismes que trois techniciens d’expérience variable, ce qui montre la part de subjectivité de la lecture manuelle (Mathison et al., 2025)5.
Les analyses à associer
- Blastocystis et Dientamoeba fragilis, deux protozoaires dont la recherche est parfois demandée à part ;
- les polynucléaires éosinophiles, qui peuvent monter en cas d’infestation par des vers ;
- la coproculture, pour les bactéries pathogènes.
À retenir
- L’EPS cherche au microscope des protozoaires, des œufs et des larves de vers.
- Plusieurs échantillons prélevés à des jours différents améliorent nettement la détection : au moins trois sont recommandés.
- Un résultat négatif n’exclut pas une parasitose, surtout sur un échantillon unique.
- Certains parasites (Giardia, cryptosporidies) sont mieux repérés par des tests d’antigènes ou de PCR.
- Le contexte (voyage, symptômes, eau consommée) guide la prescription et l’interprétation : discutez-en avec un médecin.
Sources éditoriales et fact-checking5 sources vérifiées5 études