Clostridioides difficile

Ce que mesure l’analyse

Clostridioides difficile, autrefois appelée Clostridium difficile, est une bactérie qui peut vivre dans le côlon sans provoquer le moindre symptôme. Elle devient un problème quand elle produit des toxines : la toxine A et la toxine B. Ces molécules abîment la muqueuse du côlon et déclenchent une diarrhée, parfois une colite sévère. La bactérie forme aussi des spores, des formes de résistance qui survivent dans l’environnement et facilitent la transmission, notamment en milieu de soins.

Un traitement antibiotique perturbe l’équilibre du microbiote intestinal, c’est-à-dire l’ensemble des bactéries du côlon. C’est l’une des raisons pour lesquelles la recherche de C. difficile est demandée après une cure d’antibiotiques.

L’intitulé « Clostridioides difficile » recouvre en réalité plusieurs tests, qui ne répondent pas à la même question :

• La glutamate déshydrogénase (GDH) : une enzyme fabriquée par la bactérie. Sa présence indique que C. difficile est là, pas qu’elle est nocive.
• Les toxines A et B, recherchées par un test immuno-enzymatique (EIA) : elles montrent que la toxine libre est présente dans les selles, donc que la bactérie est active.
• La PCR, ou test d’amplification des acides nucléiques (NAAT en anglais) : elle détecte le gène qui permet de fabriquer la toxine. Elle indique que la souche en est capable, pas qu’elle en produit à ce moment.
• La culture toxigénique : elle fait pousser la bactérie, puis vérifie si elle fabrique la toxine.

La clé de la lecture est là : posséder le gène, produire la toxine et être malade sont trois situations différentes.

Comment se passe le prélèvement

Le prélèvement porte sur les selles. Le laboratoire vous remet un flacon stérile ; vous y déposez une selle émise spontanément, sans la mélanger à de l’urine ni à l’eau de la cuvette. Aucune préparation n’est nécessaire : ni jeûne, ni régime particulier.

Le test s’adresse aux selles liquides ou molles, qui prennent la forme du flacon. Une selle moulée, normale, n’a en général pas d’intérêt pour cette recherche. Évitez aussi de recueillir des selles après un laxatif ou un lavement : elles seraient liquides sans qu’il y ait de maladie.

Le délai et les conditions de transport comptent, car les toxines se dégradent. Suivez les consignes de votre laboratoire et apportez le flacon rapidement. Indiquez sur la prescription vos antibiotiques récents, une hospitalisation récente et vos traitements contre le reflux : ces informations aident à interpréter le résultat. N’arrêtez et ne commencez aucun traitement de votre propre initiative en attendant.

Comment lire le résultat

Il n’y a ni unité ni valeur de référence chiffrée : le résultat est qualitatif, positif ou négatif. Ce qui compte, c’est de savoir quel test a été fait et s’il a été combiné à un autre.

Aucun test commercial ne peut servir seul à poser le diagnostic, parce que sa valeur prédictive positive (la probabilité qu’un résultat positif soit vrai) est insuffisante quand la maladie est peu fréquente dans la population testée. Les recommandations européennes préconisent donc une démarche en deux étapes. Quand la toxine libre est absente mais que la GDH, la PCR ou la culture sont positives, elles demandent une évaluation clinique pour distinguer une infection d’un portage asymptomatique (Crobach et al., 2016)¹.

Le détail des combinaisons varie d’un laboratoire à l’autre. Voici comment se lisent les situations courantes :

• Toxines positives, diarrhée présente : l’infection est probable, et le médecin décide de la suite.
• PCR ou GDH positive, toxines négatives : le résultat ne tranche pas. Il peut refléter une infection ou un portage, et c’est le contexte clinique qui oriente.
• Tout négatif : l’infection est peu probable. Si la diarrhée persiste, parlez-en à votre médecin plutôt que de refaire le test seul.

Ce que dit la science

Cette analyse est validée : sa place dans l’exploration d’une diarrhée est reconnue par les sociétés savantes européennes. Sa difficulté tient à l’interprétation, pas à la technique.

Le portage asymptomatique est fréquent

Une méta-analyse de 51 études, portant sur 39 447 adultes sans symptômes, rapporte un portage de souches toxinogènes allant de 0,5 à 51,5 % selon les populations, avec les taux les plus bas chez les personnes en bonne santé et les soignants (De-la-Rosa-Martínez et al., 2025)². Un résultat positif chez quelqu’un qui n’a pas de diarrhée n’a donc pas de valeur diagnostique.

Qui porte la bactérie sans être malade ?

Chez les adultes hospitalisés, une méta-analyse de 19 études associe le portage à une hospitalisation dans les 6 mois précédents (odds ratio de 2,18), à un traitement réduisant l’acidité gastrique dans les 8 semaines précédentes (odds ratio de 1,42), tandis que les antibiotiques pris dans les 3 mois précédents n’atteignent pas la signification statistique (odds ratio de 1,37 ; intervalle de confiance à 95 % de 0,94 à 2,01) (Anjewierden et al., 2020)³. Ces résultats concernent le portage, pas la maladie : ils ne disent rien de ce qui déclenche une infection symptomatique.

Limites à garder en tête

Les études de portage sont très hétérogènes : populations, méthodes de détection et lieux diffèrent. Un chiffre de prévalence ne se transpose donc pas à une personne donnée. Enfin, un résultat positif ne dit rien de la gravité de la maladie : elle se juge sur les symptômes et le contexte, pas sur le test.

Les analyses à associer

La calprotectine fécale et la lactoferrine fécale indiquent si l’intestin est inflammé, ce qui aide à interpréter un résultat ambigu. La coproculture et l’examen parasitologique des selles recherchent d’autres causes de diarrhée, et évitent d’attribuer à C. difficile un tableau dû à une autre bactérie ou à un parasite.

À retenir

• Le prélèvement se fait sur une selle liquide ou molle, sans jeûne ni régime.
• Le résultat est qualitatif : positif ou négatif, selon le test utilisé.
• Un test isolé ne suffit pas : une démarche en deux étapes est recommandée.
• La bactérie ou son gène peuvent être présents sans maladie : seul le contexte clinique tranche.
• Fièvre, douleurs abdominales intenses ou signes de déshydratation justifient de consulter sans attendre.