Ce que mesure l’analyse
La coproculture met un échantillon de selles en culture sur des milieux qui favorisent la croissance de certaines bactéries pathogènes. Quand elles poussent, le laboratoire les identifie. En routine, il recherche en général Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia et certains Escherichia coli producteurs de shigatoxines. D’autres bactéries sont cherchées selon le contexte, par exemple après un voyage.
La coproculture ne cherche pas les virus (norovirus, rotavirus) ni les parasites. Clostridioides difficile fait l’objet d’un test séparé.
Cultiver permet d’obtenir la bactérie vivante. On peut alors la typer, ce qui sert à la surveillance des toxi-infections alimentaires, et étudier sa sensibilité aux antibiotiques quand l’infection le justifie.
Comment se passe le prélèvement
Le prélèvement est une selle fraîche, recueillie dans un flacon stérile fourni par le laboratoire. Aucun jeûne n’est nécessaire.
- Recueillez les selles dans un récipient propre, sans contact avec l’urine, le savon ou un désinfectant.
- Prélevez de préférence les parties glaireuses ou sanglantes, s’il y en a.
- Apportez l’échantillon vite au laboratoire et respectez la température de conservation indiquée : certaines bactéries fragiles meurent rapidement.
- Si possible, prélevez avant tout antibiotique.
- Signalez un voyage, un repas collectif suspect, une hospitalisation récente ou une immunodépression.
Comment lire le résultat
Le résultat est qualitatif : « pas de bactérie pathogène isolée », ou le nom de la bactérie trouvée. Il n’existe pas de valeur de référence chiffrée.
- Une bactérie pathogène isolée oriente vers la cause d’une diarrhée infectieuse, mais un portage sans symptôme est possible : le médecin relie toujours le résultat au tableau clinique.
- Un résultat négatif ne ferme pas la question : virus, parasites, Clostridioides difficile ou causes non infectieuses restent possibles.
- La prise récente d’antibiotiques ou un transport trop long peuvent rendre la culture faussement négative.
Ce que dit la science
Le niveau de preuve est courant : la culture est la méthode classique, mais le contexte conditionne fortement son utilité.
Elle est considérée comme la méthode de référence pour les infections bactériennes de l’intestin. De nombreux laboratoires passent pourtant à des panels de PCR multiplex, rapides, précis et abordables. Leur limite est qu’ils ne fournissent pas l’information de sous-typage utile à la surveillance des toxi-infections (Peterson et al., 2022)1.
Ces techniques moléculaires détectent aussi plus d’agents. Dans un hôpital universitaire tchèque, la proportion d’échantillons positifs, tous agents confondus, était de 6,2 % sur cinq ans. Sur un sous-ensemble d’échantillons testés par panels moléculaires, au moins un agent supplémentaire était trouvé dans 27 % à 40 % des selles par rapport à l’approche classique (Briksí et al., 2019)2.
Le rendement de la coproculture varie beaucoup avec le contexte. Chez des patients hospitalisés pour une greffe de cellules souches, 947 coprocultures ont été réalisées pour des diarrhées, et seules quatre étaient positives (0,42 %), toutes à Campylobacter. Il fallait en moyenne 237 examens pour diagnostiquer un cas, et les auteurs ont conclu qu’il fallait les éviter dans la plupart des cas (Berger et al., 2021)3. Ces chiffres ne se transposent pas à une diarrhée aiguë en ville.
Dernière limite : la coproculture n’a pas d’intérêt sans symptôme, hors situations réglementées. Un « bilan de bien-être » digestif n’en justifie pas la demande.
Les analyses à associer
- Clostridioides difficile, surtout après un antibiotique ;
- l’examen parasitologique des selles, pour les parasites ;
- la calprotectine fécale, pour distinguer infection et inflammation chronique ;
- la protéine C réactive, devant une diarrhée fébrile.
À retenir
- La coproculture isole les bactéries pathogènes qui causent une diarrhée infectieuse.
- Elle ne détecte ni les virus, ni les parasites, ni Clostridioides difficile.
- Un antibiotique récent ou un transport trop long peuvent la rendre faussement négative.
- Son rendement dépend du contexte : il peut être très faible chez certains patients hospitalisés.
- Les PCR multiplex détectent plus de germes, mais la culture reste utile pour typer la souche : le choix revient au médecin.
Sources éditoriales et fact-checking3 sources vérifiées3 études