Rapport Firmicutes sur Bacteroidetes

Ce que mesure l’analyse

Le côlon abrite des milliards de bactéries, classées en grands groupes appelés phyla. Deux dominent chez l’adulte : les Firmicutes (aussi nommés Bacillota), qui comprennent notamment des Clostridia, des streptocoques et des lactobacilles, et les Bacteroidetes (Bacteroidota), dont les genres Bacteroides et Prevotella. Cette analyse calcule le rapport entre les premiers et les seconds. C’est un chiffre sans unité : plus il est haut, plus les Firmicutes pèsent par rapport aux Bacteroidetes.

Le laboratoire extrait l’ADN bactérien des selles, puis le lit par séquençage du gène 16S ou par PCR quantitative (une technique qui copie et compte des fragments d’ADN ciblés). Chaque groupe est exprimé en proportion de l’ensemble des bactéries détectées. Le résultat dépend donc de la méthode d’extraction, de la région du gène séquencée et de la base de référence utilisée pour nommer les bactéries.

Ce rapport a gagné en notoriété parce qu’il a été proposé comme signature de l’obésité. L’idée avancée est que l’équilibre entre ces deux groupes, qui fermentent tous deux des fibres, reflèterait la façon dont le microbiote exploite l’alimentation. Cette idée reste une hypothèse de recherche, pas un test de routine.

Comment se passe le prélèvement

Vous recueillez les selles vous-même, dans un pot ou un kit fourni par le laboratoire, avec la spatule ou l’écouvillon prévu. Évitez tout contact avec l’urine, l’eau de la cuvette ou le papier. Certains kits contiennent un liquide de conservation qui fige la composition bactérienne ; d’autres demandent un envoi rapide ou une conservation au froid. Suivez la notice du laboratoire : elle fait partie de la méthode.

Le jeûne n’est pas nécessaire. En revanche, signalez les antibiotiques récents, les probiotiques, les laxatifs, les lavements, une préparation de coloscopie et tout changement important d’alimentation : tous peuvent déplacer les proportions bactériennes. Certains laboratoires demandent de garder une alimentation habituelle les jours précédents, pour que le prélèvement reflète votre profil ordinaire.

Comment lire le résultat

Il n’existe pas de valeur de référence universelle pour ce rapport. Chaque laboratoire applique ses propres normes, établies sur sa technique et sa population de comparaison, et nous n’avons trouvé aucun article indexé dans PubMed qui en publie de validées pour la pratique. Le cadran de cette fiche reste donc vide : mieux vaut aucun repère qu’un repère faux.

Pour interpréter un résultat, trois règles pèsent plus que le chiffre lui-même :

• comparez deux résultats seulement s’ils viennent du même laboratoire et de la même méthode ;
• gardez en tête que la composition varie d’un prélèvement à l’autre, avec l’alimentation, le transit, l’âge et les médicaments ;
• lisez le rapport avec la diversité globale du microbiote et vos symptômes, jamais seul.

Un rapport signalé « haut » ou « bas » indique seulement que la proportion de ces deux groupes diffère de celle de la population de référence du laboratoire. Il ne dit pas qu’un trouble est présent, et il ne dit pas non plus que votre microbiote fonctionne mal.

Ce que dit la science

L’idée vient d’une étude publiée en 2006 : la proportion de Bacteroidetes était plus basse chez des personnes obèses que chez des personnes minces, et elle augmentait avec la perte de poids sous deux types de régime hypocalorique (Ley et al., 2006)¹. Le rapport Firmicutes sur Bacteroidetes en a été tiré comme marqueur.

Depuis, les résultats se contredisent. Une revue critique de 2020 relie ces divergences aux différences de traitement des échantillons et d’analyse des séquences, à la description souvent pauvre des participants et au peu de prise en compte du mode de vie. Ses auteurs jugent qu’il est actuellement difficile d’associer ce rapport à un état de santé précis, et plus encore d’en faire un signe distinctif de l’obésité (Magne et al., 2020)².

Niveau de preuve : « d », non validée. Ce qui est établi : les proportions de ces deux groupes varient d’une personne à l’autre et bougent avec l’alimentation et les traitements. Ce qui ne l’est pas : un seuil, une valeur prédictive, ou un bénéfice à modifier le rapport. Un phylum est un niveau de classification très large. À l’intérieur de chaque groupe cohabitent probablement des espèces aux rôles différents, ce qui limite ce qu’un rapport global peut révéler.

Il faut aussi se méfier des raccourcis commerciaux. Aucune donnée vérifiée ne montre qu’abaisser ou relever ce rapport, par l’alimentation ou par des compléments, améliore la santé ou le poids. Un résultat atypique est un point de départ pour une discussion avec un médecin ou un diététicien, pas un objectif à corriger.

Les analyses à associer

Pour donner du sens à ce rapport, associez-le à la diversité du microbiote, car un microbiote varié et un microbiote appauvri peuvent afficher le même rapport. Le séquençage 16S fournit le détail des genres bactériens derrière chaque groupe. Les acides gras à chaîne courte fécaux ajoutent une information fonctionnelle, et la recherche d’Akkermansia muciniphila apporte une espèce précise que le rapport ne permet pas de voir.

À retenir

• Le rapport compare deux grands groupes de bactéries du côlon ; il n’a pas d’unité.
• Il n’a pas de valeur de référence universelle : chaque laboratoire a ses normes.
• Son lien avec l’obésité est contesté, et il ne permet pas de poser un diagnostic.
• Comparez seulement des résultats du même laboratoire, dans des conditions semblables.
• Un résultat atypique se discute avec un médecin, avec la diversité et vos symptômes en regard.